新门内教会于1887年9月27日周二晚上由元杜尤宣教士主持建立，由此诞生韩国第一个长老会组织教会。
即在首尔贞洞一间韩屋里有14位洗礼教徒参加，元杜尤牧师给一位信徒施洗，选任两位长老，完成了在韩国这片土地上的第1个基督教组织。教会创立初期是使用元杜尤私邸里的一字型韓屋厢房作为礼拜堂，随着信教人数的急增便在现在花旗银行（庆熙宫对面新建了礼拜堂，再就是1910年5月新建并搬迁到现位置的砖房礼拜堂。

新门内教会对外在首尔和京畿道设立了子教会
而对母教会起了很大的作用对内也打了基础。
1904年新门内出身并被选任为长老的宋孙民也
代表教会进行活动，堂会活动也变得更活跃了。
又把1910年以后韩国的最初7位牧师中1位的徐景祚牧师任命为同事牧师，
积极推进了教会内部的整顿。随着1920年经过新门内教会的执事，
长老的车载明牧师被任命为教会首位韩国主任牧师，
对勉励会和唱诗班等等都进行了整顿，使新门内教会更加有组织地发展了。
但是1944年以新任的金英珠牧师为中心而迎接解放，
专心教会的重建与复兴的新门内教会也经历了主任牧师被绑架的6.25战争之痛。

1955年，随着第4代主任牧师姜信明牧师上任，
教会不止对内复兴并对外地位也提升了。
对内一方面整顿教会行政和各种教会组织，
一方面在1967年9月竣工元杜尤纪念馆，
对外积极推进农村志愿活动和医疗宣教、
城市夜校运动等各种活动。姜牧师担任后信徒数量急增，
就在1972年11月新建了现在的礼拜堂而且在1973年出版了《新门内教会85年史》一书。

1981年4月，随着第5任牧师金东益牧师赴任，1994年出版了《新门内教会100年史》，并且积极展开俄罗斯海参崴神学校开讲（1996年），泰国一所韩泰宣教馆献堂等的一系列海外宣教活动。2000年9月，第6代主任牧师李秀英牧师赴任，设立了新门内教师教育院和新门内专门志愿服侍教育院（2007年），也设立新门内ACADEMY(2009年）等，教育基础设施被扩充。

综上所述，新门内教会创立以来，作为这片土地最先建立的“福音的殿堂”， 作为有着根深蒂固的信仰与强烈的宣教精神，以及教会联合精神，还有负着民族历史发展责任而担当教会的使命，就是全韩国所有长老会的母教会。